Krystyna Rutkowska jest profesorem w Instytucie Języków i Kultur Regionu Bałtyckiego Uniwersytetu Wileńskiego. Tematyka jej badań naukowych dotyczy dialektologii, etnolingwistyki, socjolingwistyki, tekstologii i historii języka, z ukierunkowaniem polonistycznym oraz porównawczym w problematyce polsko-litewskiej.
Na dorobek naukowy Profesor Rutkowskiej składa się 15 pozycji książkowych, w tym 4 monografie, około 120 artykułów i 3 portale internetowe. Współpracuje z Litewską Radą Naukową, Państwową Komisją Języka Litewskiego oraz Komisjami przy Komitecie Slawistów (Dialektologiczną, Socjolingwistyczna i Etnolingwistyczną). Jest członkiem naukowym konwersatorium „Eurojos” zrzeszającym badaczy z 18 krajów, redaktorem czasopism naukowych „Acta Baltico-Slavica”, „Literatura Ludowa”, „Acta Univetsitatis Lodziensis” i „Folia Linguistica”, a także prowadzi zajęcia dla studentów i doktorantów w ośrodkach polonistycznych i lituanistycznych w Polsce, Szwecji, Czechach i na Łotwie. Uczestniczy w dziele propagowania wiedzy o języku polskim na świecie, zwłaszcza o polsko-litewskim pograniczu językowo-kulturowym w aspekcie panchronicznym. Zorganizowała 20 letnich obozów dialektologicznych i krajoznawczych na różnych terenach Litwy.
W 2018 roku Profesor Rutkowska została odznaczona Krzyżem Kawalerskim Orderu Zasługi Rzeczypospolitej Polskiej, za działalność na rzecz polskiej mniejszości narodowej na Litwie oraz za kultywowanie polskich tradycji i zachowanie dziedzictwa narodowego. W 2021 roku otrzymała wyróżnienie Nagrody Polonicum, przyznawanej przez Uniwersytet Warszawski najwybitniejszym promotorom polskości w świecie.